Taryba
    Komitetai
        Ekonomikos, finansų ir verslo plėtros
        Kaimo reikalų
        Kontrolės
        Miesto reikalų
        Sveikatos, ekologijos ir socialinių reikalų
        Švietimo, kultūros ir sporto
    Komisijos

Meras
    Mero pavaduotojas   

Kontrolieriaus tarnyba

Sekretoriatas

Savivaldybės administracija
    Administracijos direktorius
        Civilinės metrikacijos skyrius
        Civilinės saugos tarnyba
        Centralizuota buhalterija
        Dokumentų ir informacijos tarnyba
        Ekonomikos ir turto skyrius
        Finansų ir biudžeto skyrius
        Savivaldybės gydytojas
        Seniūnijos
            Bukonių, Dumsių, Jonavos miesto, Kulvos, Ruklos, Šilų, Upninkų, Užusalių, Žeimių
        Socialinių paslaugų skyrius
        Statybos, remonto ir viešųjų pirkimų skyrius
        Strateginio planavimo ir investicijų skyrius
        Švietimo, kultūros ir sporto skyrius
        Teisės ir personalo skyrius
        Vyriausiojo architekto skyrius
        Vaiko teisių apsaugos skyrius
        Vidaus audito tarnyba
        Vietinio ūkio skyrius
        Vyriausiasis specialistas (ekologas)
        Vyriausiasis specialistas (paminklotvarka)
        Žemės ūkio skyrius

Savivaldybės administracijos struktūra patvirtinta
2005 m. gegužės 26 d. sprendimu Nr. 1 TS - 117.